Esta idea es más una solución que algo creativo. La idea que se me ocurre para hacer un videojuego 2D de Mario que no se pueda replicar en Mario Maker es hacer un videojuego de Super Mario visto en 3D donde sus personajes y los elementos de sus escenarios se muevan en un entorno 3D pero con su jugabilidad siempre en 2D. Esto se puede ver en Kirby 64 The Crystal Shards, donde se juega en 2D, pero Kirby, mientras se mueve, el camino del nivel se va curvando o cambiando de posición 3D.
Ejemplos acerca de lo que me refiero:
1) Kirby cambia de dirección al pasar por la puerta del castillo:
2) Kirby camina rodeando el castillo:
3) Kirby sube una torre al rededor de ella.
La solución para hacer un videojuego 2D de Super Mario que no se pueda replicar en Mario Maker sería haciendo el videojuego como en estos 3 ejemplos, de esta forma se pueden hacer videojuegos 2D de Super Mario sin poder hacerlos en Mario Maker porque sería demasiado difícil crear niveles en un Mario Maker con este efecto 3D.